慶応３年（1867）２月９日（新暦）夏目直克・千枝の五男として、江戸牛込馬場下横町（現在の新宿区喜久井町一番地）で誕生。金之助と命名される。生後間もなく四谷の古道具屋に里子に出されるがすぐに連れ戻される。

慶応４年（1868）内藤新宿の名主・塩原昌之助の養子になる。

明治２年（1869）養父母とともに浅草三間町に転居。

明治３年（1870）疱瘡にかかり、溥く痘痕がのこる。

明治４年（1871）養父母とともに内藤新宿に戻り、休業中の妓楼「伊豆橋」に留守番代わりに住む。

明治６年（1873）３月 浅草諏訪町に転居。

明治７年（1874）浅草寿町の戸田学校下等小学第八級に入学。

明治９年（1876）４月 養父母の離婚により塩原姓のまま養母とともに夏目家に戻る。５月 市谷学校下等小学第三級（その後、区立愛日小学校に統合）に転校か。

明治11年（1878）４月 神田猿楽町の錦華学校小学尋常科第二級後期に転校し、卒業。

明治12年（1879）３月 東京府第一中学（一ッ橋中学、現在の日比谷高校）に入学。

明治14年（1881）１月 母・千枝死去。東京府第一中学を中退し、漢文を学ぶため二松学舎に転校。

明治17年（1884）小石川の新福寺（現在の文京区竹早）に下宿。９月 大学予備門予科（後の第一高等中学校）に入学。同級に中村是公・芳賀矢一ら。

明治21年（1888）１月 夏目家に復籍。７月 第一高等中学校本科英文学科に進学。

明治22年（1889）１月 正岡子規と親交を深める。子規の『七艸集』を漢文で批評し、その際はじめて「漱石」と署名する。９月 紀行文集『木屑録』を書く。

明治23年（1890）９月 帝国大学文科大学（現在の東京大学）英文学科に入学。

明治25年（1892）４月 徴兵の関係で分家し北海道に転籍する。５月 東京専門学校（現在の早稲田大学）講師となる。子規と関西を旅行した後、単身岡山を訪ね、再び松山で子規に会う。この時、高浜虚子・河東碧梧桐と知り合う。

明治26年（1893）帝国大学大学院に進学。束京高等師範学校英語嘱託となる（月給37円50銭）。

明治27年（1894）12月 大学院時代からの友人菅虎雄の紹介で、鎌倉円覚寺の帰源院に参禅する。

明治28年（1895）愛媛県尋常中学校の英語科嘱託教員として赴任（月給80円）、教え子の松根東洋城は後に漱石門下、真鍋嘉一郎は主治医となる。子規が帰郷し、漱石の下宿に住む（愚陀仏庵）。12月 貴族院書記官長中根重一の長女鏡子と見合いし婚約。

明治29年（1896）４月 熊本の第五高等学校講師として赴任（月給100円）、教え子の寺田寅彦は後に漱石門下。６月 鏡子と結婚。７月 教授に就任する。

明治30年（1897）６月 父・直克死去。

明治31年（1898）７月 熊本市内坪井七八番地に転居する（現在、内坪井旧居として公開されている）。

明治32年（1899）５月 長女筆子誕生。

明治33年（1900）６月 文部省から英語研究のため２年間の英国留学を命じられ、９月横浜から出航（学費年1800円。留守手当年300円）。

明治34年（1901）１月 次女恒子誕生。英文学概論を書く（後の『文学論』）。

明治35年（1902）強度の神経衰弱にかかる。９月 正岡子規没（享年36）。12月 帰国の途につく。

明治36年（1903）１月 帰国。３月 本郷区千駄木五七番地に転居。４月 東京帝国大学英文科講師（年俸800円）、第一高等学校英語講師（年俸700円）となる。11月 三女栄子誕生。この年、神経衰弱が悪化する、

明治37年（1904）９月 明治大学講師を兼任。12月 高浜虚子主宰の「山会」で自作の「猫伝」を朗読。この頃、野村伝四が門下となる。橋口五葉との交流が始まる。

明治38年（1905）１月『吾輩は猫である』を『ホトトギス』に、「倫敦塔」を『帝国文学』、「カーライル博物館」を『学鐙』に発表。12月 四女愛子誕生。この頃、森田草平・鈴木三重吉・小宮豊隆・野上豊一郎・中勘助らが門下に加わる。

明治39年（1906）４月『坊つちゃん』を『ホトトギス』に発表。９月『草枕』を『新小説』に、10月『二百十日』を『中央公論』に発表。面会日を木曜日の午後三時以降と定める（木曜会）。12月 本郷区西片町十-ろ-七号に転居。

明治40年（1907）１月『野分』を『ホトトギス』に発表。３月 東京帝国大学と第一高等学校の職を辞し、朝日新聞社に入社（月給200円）長男純一誕生。『虞美人草』を連載、９月牛込区早稲田南町七番地に転居（漱石山房、現在の区立漱石公園）。11月 謡を習い始める。この頃、安部能成・林原（岡田）耕三が門下に加わる。この頃より胃病に苦しむ。

明治41年（1908）『坑夫』『夢十夜』『三四郎』『文鳥』を連載。12月 次男伸六誕生。

明治42年（1909）『永日小品』『それから』を連載。９～10月 中村是公の招きで満州・朝鮮を旅行する。この頃、阿部次郎が門下に加わる。

明治43年（1910）３月 五女雛子誕生。『門』を連載。６月 胃潰瘍のため長与胃腸病院に入院。８月 転地療養のため修善寺温泉の菊屋旅館に滞在。24日大量吐血し、一時危篤状態におちいる。10月 帰京し長与胃腸病院に再入院。『思ひ出す事など』を連載。

明治44年（1911）2月 文学博士号を辞退。８月 関西講演旅行中に胃演瘍が再発し大阪で入院。11月 雛子急死。この頃、内田百閒・津田青楓が門下に加わる。

明治45年・大正元年（1912）１～４月『彼岸過迄』を連載。12月『行人』を連載（中断を経て大正２年11月完結）。

大正２年（1913）強度の神経衰弱となる。胃潰瘍のため療養する。この頃、赤木桁平・岩波茂雄・和辻哲郎が門下に加わる。

大正３年（1914）４～８月『こゝろ』を連載。胃潰瘍のため療養する。

大正４年（1915）１～２月『硝子戸の中』を連載。３月 京都に旅行中、胃潰瘍を再発。６～９月『道草』を連載。この頃、江口渙・芥川龍之介・菊池寛・久米正雄・咆岡譲が門下に加わる。

大正５年（1916）５月『明暗』を連載（未完）。11月 胃潰瘍が悪化。12月９日　死去（享年49歳）、新海竹太郎によりデスマスクがとられ、鏡子の申し出により東京帝国大学で医学解剖が行われる。12日 葬儀、法名は文献院古道漱石灰士。28日 雑司ヶ谷墓地に埋葬される。